2024-06-01

[救援記事] EC2 Ubuntu 20.04 - systemd-journald[xxx]: File /run/log/journal/[...]/system.journal corrupted or uncleanly shut down, renaming and replacing.

前言: 這是公司的一台在未來要做主要的 DB server,幾天前 instance 才創建好,老闆就讓我有空在上面開始佈署相關的軟體跟設定,大至上在前一、兩天就都已經設定好了,因為並沒有急著上線使用,所以就先擺著,然後我也一樣時不時的上去刷系統更新,就前最近,跟前一篇救援記事提到的公司的測試機的狀況一下,系統更新完重開機就連不到了

狀況: 其這一台發生問題的時間比測試機早,這一台是我在上班時間發生的狀況,測試機是同一天的半夜…只不過,aws 的 ebs 只能掛載在同一個「可用區域」的 instance 中,這台 DB instance 的可用區域我老闆建置在別的地方,跟公司原本的可用區域的位置不同,所以一開始我沒辦法把 db 的 ebs 掛到另一個區域的救援機上,所以之前只能先救援測試機

就在凌晨把測試機救援回來就有相對的信心來處理 DB server

救援操作
  1. 啟動 DB instance
    • 雖然已經知道無法正常啟動,但我主要是要看截圖畫面看卡在哪,跟系統日誌
    • 系統日誌大至上和測試機異常時的日誌一樣,但截圖畫面不一樣,測試機卡住的畫面就只有一個游標,但 DB instance 是卡在 `systemd-journald[xxx]: File /run/log/journal/[...]/system.journal corrupted or uncleanly shut down, renaming and replacing.`
  2. 停止 DB instance
  3. detach DB EBS
  4. create Rescue instance
    • mini 的規格就行
    • 要記得可用區域要和 DB instance 同一個
  5. DB EBS attach to Rescue instance
  6. ssh 進入 Rescue instance
  7. sudo mount /dev/xvdf1 /mnt/recovery
    • xvdf1 是我自己編的,請以實際情況下的代號為主
  8. sudo chroot /mnt/recovery
  9. cd /var/log/journal
    • 因為這次的問題,系統並沒有啟動到 syslog 的服務,所以從 syslog 中看不到紀錄
    • 會找 journal 主要是因為 `systemd-journald[xxx]: File /run/log/journal/[...]/system.journal corrupted or uncleanly shut down, renaming and replacing.`
  10. journalctl -p5
    • 直接 cat system.journal 會看不懂,這個檔本身的資料編碼應該是特殊的,所以要透過 journalctl 來看 systemd 的紀錄
    • -p: priority, 列出指定等級的紀錄
      • 0: emerg
      • 1: alert
      • 2: crit
      • 3: err
      • 4: warning
      • 5: notice
      • 6: info
      • 7: debug
  11. 看到紅字的異常 `systemd[xxx]: multipathd.service: Failed to adjust resource limit RLIMIT_NOFILE: Operation not permitted`
    • 我主要是先看紀錄的時間,因為我還記得重新啟動的時間大概是什麼時候,所以以這個時間來看啟動紀錄中有沒有異常的,而紅字比較明顯
  12. 又是熟悉的 RIMIT_NOFILE…
    • /etc/sysctl.conf: 沒發現有設定 `fs.file-max` 和 `fs.nr_open`
    • /etc/sysctl.d/100-custom.conf: 這是新增出來的檔案,有加上 `fs.nr_open = 102400`
    • 我其實本來就有預期應該是和測試機是同一個問題,只是我沒想到的是我在 DB instance 並沒有在 /etc/sysctl.conf 設定 `fs.file-max = 102400`,所以可知這兩次的主因都是 `fs.nr_open`
  13. 將 `fs.nr_open` 先註解掉
  14. 退出 chroot(直接 exit)
  15. umount /mnt/recovery
  16. 退出 Rescue instance
  17. 停止 Rescue instance
  18. (確定已停止) detach DB EBS
  19. attach DB EBS 到 DB instance
  20. 啟動 DB instance
    • 啟動正常
救援 DB server 花的時間就沒有測試機來的久了
呼,好佳在都解決了

[救援記事] EC2 buntu 20.04 - systemd-udev-trigger.service: Failed to adjust resource limit RLIMIT_NOFILE: Operation not permitted

*心得: 好累,以後要切記進行系統更新前保險的做法是做一個快照

前言: 這是公司的一台測試區的環境,Ubuntu 20.04 LTS,這一台從開始就是公司讓我去建置的,所以我大概五至十天就會上來刷更新,但就在最近,有 intel-microcode, libc-bin, libc-dev-bin, libc6, libc6-dev, libtss2-esys0, locales, ubuntu-advantage-tools, ubuntu-pro-client, ubuntu-pro-client-l10n 列出要更新,所以我一如往常的就進行更新,然後因為 intel-microcode 的關係,所以會需要重開機,但我進行重開機之後就再也連不到了

狀況: 重開機後我 ssh 就一直連不到,而且重點是發生在半夜…沒辦法,我只能先向老闆報告,也說明我更新的操作是一直以來就有,但唯獨這次有狀況…我跟老闆借了公司的 aws console 的帳號,登入進去後,在 instance>> 那看到測試的狀況是 "running",但是…在檢查執行狀況那邊是 1/2 的情況,而且這個時候已經不能用 aws console 提供的 web connection 連到主機中

所以先看 aws console 的提供的系統日誌,因為 web 版的系統日誌中帶有一些奇怪的亂碼,但在可讀的資料中已經有發現不少 "failed to start...", "failed to mount..." 訊息,所以想到把測試機的 EBS 給 detach,然後再 attach 到 Rescue 的 instance 中,來檢查一下

救援操作
  1. ssh 進入 Rescue instance
  2. sudo mount /dev/xvdf1 /mnt/recovery
    • xvdf1 是我自己編的,這個請以實際情況下的代號為主
  3. sudo chroot /mnt/recovery
  4. cat /var/log/syslog | more
    • 翻到發生問題的時間,看看當時開機的記錄
  5. 找到第一個出現 Failed 或類似錯誤、啟動失敗的訊息,在我的狀況中,我第一個出現的是 `systemd-udev-trigger.service: Failed to adjust resource limit RLIMIT_NOFILE: Operation not permitted`
  6. 看到 RLIMIT_NOFILE 時,我就想到在這次更新之前,我因為在優化 mysql 的關係,有在以下兩個檔案處加了東西
    • /etc/sysctl.conf: `我在最後加上了 `fs.file-max = 102400`
    • /etc/sysctl.d/100-custom.conf: 這是新增出來的檔案,裡面只有加上 `fs.nr_open = 102400`
  7. 將 `fs.file-max` 和 `fs.nr_open` 先註解掉
  8. 退出 chroot(直接 exit)
  9. umount /mnt/recovery
  10. 退出 Rescue instance
  11. 停止 Rescue instance
  12. (確定已停止) 將本來 attach 給 Rescue instance 的要救援的 EBS 給 detach,然後再 attach 回原本的 測試機 instance
  13. 啟動 測試機 instance
    • 啟動正常
上述的狀況看起來花的時間不多,但實際上…這只是我精簡的操作,因為我本來並沒想到跟 RIMIT_NOFILE 有關,因為在看 syslog 時,一開始的注意力被 amazon-ssm-agent 這服務總是出現 404 的紀錄而感到困惑

然後我在還沒想到是 RIMIT_NOFILE 有關前,我都以為是因為做了系統更新的關係,我還想到要修改 grub,或者是把當時更新的套件都退版回去,在都是無效的情況下,又再一次想到真的逐筆的把 syslog 紀錄給看完後才發現 RIMIT_NOFILE 有關

唉,真是手賤